As comissões são divididas por áreas e são extremamente importantes, pois é onde os deputados analisam os projetos de lei antes que eles sejam encaminhados para votação no plenário da Assembleia.

Todos os partidos devem participar das comissões. A ideia é que haja um consenso entre os deputados sobre quem irá presidir determinada comissão. Considerada a mais importante , a Comissão de Constituição e Justiça deverá ser a única que passará por uma disputa.
O PMDB já manifestou interesse pela presidência, assim com o PT e PTB que se uniram para conseguirem a comissão. O caso relembra a recente disputa pela presidência da Assembleia Legislativa do Piauí (Alepi) entre Themístocles Filho (PMDB) e Fábio Novo (PT). Themistocles acabou saindo vitorioso.